Genau so wie @nudel das beschreibt kenne ich das auch. Sicherheitshalber habe ich das nochmals gegen geprüft ob sich da was geändert hat.
Habe eine user.js verwendet, die Einträge beinhaltet die ich definitiv nicht in der momentanen prefs.js habe. Danach Firefox gestartet, Einträge wie erwartet unter about:config sichtbar. Firefox geschlossen → user.js gelöscht → Firefox wieder gestartet, neue Einträge immer noch unter about:config und unter prefs.js sichtbar.