Jeder so wie er mag. Die Jungs von Arkenfox haben hierzu eine klare Ansage in ihrem Wiki gemacht:
" And that’s exactly what the prefsCleaner script does - so ALWAYS run prefsCleaner, with Firefox closed, after each update."
Auch hierzu ein Auszug aus dem Arkenfox Wiki:
" Warning: DO NOT DELETE PREFS.JS. prefs.js is a runtime file that includes more than just your pref changes."
Also…die prefs.js sollte man in keinem Fall löschen. Das ist eine Runtime Library die noch einiges mehr enthält als nur die Änderungen aus der user.js.
Sofern man mit seiner FF Installation schon mehrere Versionssprünge hinter sich gebracht hat, kann man mit dem cleanup script von Arkenfox die prefs.js „aufräumen“. Prefs die von Mozilla oder Arkenfox deprecated wurden, also in neuen FF Versionen einfach nicht mehr existieren werden mit diesem Script aus der pref.js gelöscht.