Deine Frage ist berechtigt und das Konzept dahinter ist nicht sofort ersichtlich. Eine Webseite wie ein DNS-Leak-Test kann herausfinden, welchen DNS-Server dein System verwendet, indem sie spezielle Domains zum Nachladen einbettet, die nur über ihren eigenen autoritativen DNS-Server aufgelöst werden können. Wenn dein Browser eine solche Testdomain lädt, muss dein System sie über den konfigurierten DNS-Server anfordern. Dein konfigurierter DNS-Server kann die Domain nicht selbst auflösen und leitet die Anfrage an den autoritativen DNS-Server des Testanbieters weiter. Da der Testanbieter Zugriff auf die Logs seines eigenen autoritativen DNS-Servers hat, kann er sehen, von welchem DNS-Server die Anfrage kam und somit feststellen, welchen DNS-Server dein System tatsächlich verwendet.
(Edit) Um es noch einmal zusammenzufassen: Nicht die DNS-Leak-Test-Webseite weiß, welchen DNS du verwendest, sondern der Betreiber des DNS-Leak-Tests betreibt eigene DNS-Server, die von deinem DNS-Server angefragt werden (müssen), um die Adressen der versteckten Inhalte aufzulösen. Er weiß es also von seinem DNS-Server, nicht von seiner Webseite.
Der Test zeigt also nur die Fakten - die Interpretation hängt davon ab, welche DNS-Server der Benutzer tatsächlich erwartet. Wenn du z.B. ein VPN benutzt und erwartest, dass die DNS-Anfrage vom DNS-Server des VPN-Providers kommt, der Test aber deine eigenen DNS-Server anzeigt, liegt ein DNS-Leak vor.