Den von @akp vorgeschlagene phoneexplorer habe ich noch nie ausprobiert. Soll aber gut funktionieren, ich stelle mir vor so ähnlich wie iMazing, was ich zum Backup von einem iPad nutze. Allerdings gibt es beide Programme nur für Windows und es funktioniert nicht automatisch, da du das Smartphone ja über ein Kabel mit dem PC verbinden musst.
Für automatische Onlinebackups nutze ich Seedvault, dass täglich ein Backup über WebDAV auf einen Server speichert. Dabei werden aber nur Apps und deren Einstellungen gesichert und nur von den Apps, die es zulassen. Die als Betafunktion gekennzeichnete Möglichkeit, auch Daten zu sichern, führte bei mir bisher immer zu Backups, die ich nicht mehr zurückspielen konnte.
Insgesamt nimmt mir Seedvault aber einiges an Arbeit beim neu Einrichten eines Smartphones ab und es funktioniert unabhängig vom Smartphonegerät und Android OS, solange Seedvault überhaupt vorhanden ist. Ich kenne es nur von lineagebasierten CustomRoms und GrapheneOS.
Für Onlinespeicherung von Nutzerdaten gibt es verschiedene Möglichkeiten. Ente, Proton, Filen, Koofr usw. haben die Einstellmöglichkeit Fotos automatisch zu speichern.
Für sonstige Daten gibt es bei koofr.net gibt es eine Rclone Integration und filen.io bietet auch eine scriptfähige CLI an, die ich aber noch nicht genutzt habe.
Um lokal automatisch SMS und Anrufliste zu sichern nehme ich aus F-Droid SMS Import/Export.
Dateien können genauso gesichert werden (Einstellungssache; bei mir (derzeit v. 15-5.6, aber auch schon ältere) funktioniert das Sichern (und wiederherstellen) auch mit Sicherung der Dateien prima). Im Übrigen sichert Seedvault auch die Systemeinstellungen, die Kontakte, den Anrufverlauf und den SMS/MMS-Verlauf.
Ich nehme an, dass bei dir diese Einstellung in Seedvault auch immer noch als Beta gekennzeichnet ist? Ich glaube, dass letzte Mal, dass ich es versucht habe, war letztes Jahr. Vielleicht hat sich auch was geändert und werde es nochmal probieren.
Ich bewege mich zwar inzwischen sehr gerne im Terminal, aber auf einem Smartphone muss ich das nicht unbedingt haben - jedenfalls nicht, um ein Backup Script zu schreiben.
Also Kontakte synchronisiere ich mit dem Mailprovider meines Vertrauens. Der beherrscht auch Aufgaben.
Für das Sichern von Telefonaten und SMS - ich gehe davon aus, dass Du mit „Nachrichten“ SMS gemeint hast - verwende ich SMS Backup & Restore. Die sichere ich regelmäßig in einen lokalen Ordner am Androidgerät. Oder die bereits erwähnte FOSS SMS Import / Export.
Ich habe da einen Ordner /Backup mit etlichen Unterordnern für /SMS, /Signal, /Threema und diverse Konfigurationen wie zB /addy.io.
Und von hier aus gibt es mehrere Möglichkeiten. Eine wäre beispielsweise über Apps wie FolderSync oder Autosync. Eine andere wäre Round-Sync (https://github.com/newhinton/Round-Sync). Da Du ja selbst rclone angesprochen hast, wäre das möglicherweise passend.
Hier habe ich beispielsweise pCloud als remote eingerichtet und dann einen crypt-remote für pCloud angelegt. Die App bietet die Möglichkeit, automatische Syncs einzurichten. Du könntest also den gesamten Ordner /Backup verschlüsselt sichern. Damit hättest Du schon einmal ein Backup irgendwo liegen. Und das kann dann auch genauso gut auf GDrive oder Dropbox liegen, oder bei „besseren“ Alternativen wie filen.io oder Tresorit (soweit mir bekannt allerdings kein WebDAV). Irgendjemanden bezahlt man immer für remote Speicher. Aber rclone/Round-Sync unterstützen noch viele, viele andere Clouds, aus denen man wählen kann. Und prinzipiell lege ich auf fremden Rechnern ausschließlich am Client verschlüsselte Daten ab.
Wenn man selbst gar keine Möglichkeit hat, remote auf ein NAS zuzugreifen, braucht man eben eine Fremd-Alternative. Oder man verwendet Anwendungen wie Synthing oder ResilioSync. Lokal am Heimrechner installieren und seinen Smartphone Backup-Ordner dann im heimischen Netz rüberschieben. Das lässt sich auch halbwegs automatisieren, damit man nicht immer daran denken muss.
Würde mich interessieren, wie Deine Lösung am Ende aussieht.